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Journée Transparisation du RT-MFM lundi 17  juin

Les ingénieurs du réseau technologique Microscopie de Fluorescence Multidimensionnelle (RT-MFM, réseau de la MITI), organisent une journée autour de la technique de transparisation intitulée : "La « Transparisation » un outil pas comme les autres: Comment imager les  échantillons, visualiser et analyser les images". Cet atelier aura lieu le lundi 17 juin à partir de 9h30 dans l'amphithéatre Génopolys. L'inscription est gratuite pour le secteur public mais obligatoire : https://forms.gle/Uz3HT95PuS8pVxUq9

 

  Programme

9h30 : Accueil

9h45 : Introduction (groupe de travail Transparisation RTmfm)

10h00 : Méthodes d’observation d’échantillons transparisés

  • Frédéric Brau – Sophie Abélanet (MICA, Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire, Nice) : Ultramacroscopie modulaire et imagerie 3D de marquages immunohistochimiques d'organes transparisés
  • François Michel (InMAGIC, INMED, Marseille) : Quelle technique pour l’imagerie des échantillons volumineux ?

 11h00 : Visualisation et analyse des échantillons transparisés

  • Alain Chédotal (Institut de la Vision, Paris) : Application de la transparisation à l’imagerie 3D du développement embryonnaire
  • Pierre Weiss (Institut de Mathématiques, Toulouse) : Promesses et défis de l'apprentissage machine en traitement et analyse d'image
  • Ludovic Leconte (PICT, Institut Curie, Paris) : Visualisation des « big data » et logiciels « open source »

 12h30-13h30 : Buffet

 13h30 – 15h30 : Tables rondes autour de 3 thématiques abordées en parallèle (3 salles différentes):

  • Méthodes de « transparisation »
  • Méthodes d’observation des échantillons transparisés
  • Méthodes d’analyse et gestion des données

15h30 : Pause-Café

15h45-16h30 : synthèse des tables rondes

16h30-17h00 : conclusions et perspectives

Le Groupe de travail 'Echantillons - axe Transparisation' du RTmfm est composé de Pierre Affaticati, Geneviève­ Conéjéro, Romina D'Angelo, Laurence Dubreil, Orestis Faklaris , David Godefroy, Nicolas Goudin, Thomas Guilbert et François Michel

 

Image en microscopie confocale de coupe clarifiée de fois de souris de 500 μm. En magenta: les noyaux (DAPI), en vert: les filaments d'actine (phalloidine Alexa 488), en noir et blanc: collagène (signal SHG - laser pulsé utilisé)

V. Ayala (IRIM)

Projection en z d'un stack de 200 μm d'un méristème d'inflorescence de riz clarifié au stade floret (marqueur: renaissance). Microscopie confocale (spinning disk)

C. Gauron (IRD)

 Les images de microscopie ont été acquises sur le plateau MRI-CRBM.

Contacts :

Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. (co-organisateur local, 04.34.35.95.19)

 

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