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Le contexte : 

Le plateau de génomique MGX du campus Arnaud de Villeneuve propose depuis 2008 des applications du séquençage à haut débit (NGS) basées sur la technologie Illumina : le séquençage de génomes complets ou ciblés (e.g. exome), la transcriptomique, la détermination de l’architecture chromatinienne et l’épigénomique, le génotypage de populations…  La plateforme réalise maintenant des séquençages en grandes longueurs grâce à l’utilisation de nanopores.

 

L'équipement

La technologie nanopore, par exemple telle que développée par la société ONT-Oxford Nanopore Technologies, permet de séquencer de longues molécules d’acides nucléiques, ADN ou ARN, en mesurant l’intensité du courant passant dans un nanopore partiellement obstrué par une molécule d’acide nucléique (voir figure). Les quantités nécessaires de matériel sont de l’ordre de 200 fmol (=1 µg pour des fragments de 8kb). Par rapport aux autres technologies de séquençage NGS existantes, par exemple Illumina, les séquences obtenues se caractérisent par une grande longueur (plusieurs dizaines voire centaines de kb), un taux d’erreur important (~10%) et un débit moins élevé (typiquement 2-8 Gb/run).

  Applications

Les applications incluent le séquençage de novo ou le reséquençage d’ADN génomique, le phasage de SNPs, l’étude de l’épissage alternatif, la métagénomique…

L’intérêt principal de cette technologie réside dans la longueur des séquences obtenues d’où un assemblage facilité pour la constitution de génomes complets. L’inconvénient est un débit beaucoup plus faible que celui des séquenceurs Illumina et un taux d’erreur élevé. Il est donc nécessaire, en particulier pour les gros génomes, de séquencer les mêmes échantillons avec la technologie Illumina pour corriger les lectures nanopore et obtenir une couverture suffisante de chaque nucléotide.

Il convient également de noter que les nanopores peuvent séquencer l’ARN directement, sans synthèse d’un ADNc par transcription inverse (voir ci-dessous).

Une banque ONT a été préparée à partir d’ARN polyadénylés et séquencée sur MinION. La figure A montre la distribution de la longueur des séquences obtenues. La figure B montre la couverture du locus KNT1 par les séquences obtenues et permet de visualiser les 3 variants d’épissage de ce gène : 1-6, 1-4+6, 1-2+4-6.

Contacts :

Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. (responsable technique, 04.34.35.93.38)

 

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