Le contexte : 

Le plateau de génomique MGX du campus Arnaud de Villeneuve propose depuis 2008 des applications du séquençage à haut débit (NGS) basées sur la technologie Illumina : le séquençage de génomes complets ou ciblés (e.g. exome), la transcriptomique, la détermination de l’architecture chromatinienne et l’épigénomique, le génotypage de populations…  La plateforme vient de remplacer le HiSeq2500 par un séquenceur NovaSeq6000.

 

L'équipement

La technologie SDS (séquençage par synthèse) d’Illumina permet de séquencer des fragments d’ADN relativement courts (<250 nucléotides) mais en très grand nombre. Le HiSeq2500 permettait de séquencer jusqu’à 4 milliards de fragments par session de 6 jours en séquences appariées ("paired-ends") de 125 nucléotides. Le NovaSeq6000 permet de séquencer jusqu’à 20 milliards de fragments par session de 44 heures en séquences appariées de 150 nucléotides. Le débit journalier a donc été multiplié par ~20. Le NovaSeq6000 possède différents types de "flow-cells" permettant de séquencer entre 325 millions et 2,5 milliards de fragments par piste. Les longueurs de séquençage sont également ajustables entre 50 et 250 nucléotides selon le type de flow-cell utilisé. Enfin le prix par Mb (megabase) a été considérablement réduit.

  Applications

Les applications qui bénéficieront le plus de cette augmentation de débit et de la réduction des coûts associée incluent :

  • Le séquençage de novo ou le reséquençage d’ADN génomique. Les séquences produites par le NovaSeq seront le complément idéal au séquençage de grands fragments d’ADN par nanopores (Oxford Nanopore Technologies) ou aux fragments synthétiques de grande longueur (10x Genomics & Illumina).
  • La transcriptomique, en particulier sur cellules uniques ("single cell RNA-seq"). Le débit important supporté par ce séquenceur permettra un séquençage exhaustif des banques scRNA-seq générées par le Chromium de 10x Genomics ou par la construction de banques en plaques 96/384 puits.
  • De manière plus générale, toutes les applications basées sur le comptage de séquences (tag census) : ChIP-seq, RRBS/WGBS, HiC…

Attention : pour les équipes qui souhaitent continuer à construire leurs banques, il est important de noter que le phénomène appelé "index hoping" ou "index switching" affecte le NovaSeq6000 et impose l’indexation des banques avec des paires uniques d’index (UDI, unique dual indexing). Les personnels de la plateforme sont à votre disposition pour discuter des détails de construction des banques.

 

Contacts :

Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. (responsable technique, 04.34.35.93.38)

 

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