Objectifs:
Comprendre et mettre en oeuvre 3 des logiciels d'analyse de données RNA-seq les plus couramment utilisés pour l'identification de génes différentiellement exprimés.
Responsable scientifique:
Christelle REYNES
Intervenants:
Christelle REYNES, Stéphanie RIALLE, Emeric DUBOIS, Robert SABATIER
Pré-requis:
Statistiques de base pour la génomique
Public:
Chercheurs, ingénieurs, techniciens, doctorants et post-doctorants
Programme:
Jour 1:
- Matinée : présentation du protocole de séquençage et de traitement RNA-seq (de la construction des banques au comptage), suivi de la présentation des méthodes utilisées par les logiciels DESeq, DESq2 et edgeR
- Estimation statistique et intervalles de confiance
- Après-midi : TP prise en main de R.Présentation du jeu de données utilisé les jours suivants.
Jour 2 & 3 :
- TP analyse complète d'un jeu de données RNA-seq sou R en utilisant DESeq, DESeq2 et edgeR.
- Contextualisation des données par analyse des termes Gene Ontology (topGO)
Date limite d'inscription:
vendredi 14 avril 2017
La fiche d’inscription est téléchargeable sur cette page :
Veuillez la compléter, la signer, la faire signer par les personnes suivantes (responsable hiérarchique,
directeur d’unité et correspondant formation) et la retourner au contact
(ci-contre).
Désistement : Veuillez avertir le contact(ci-contre) au plus tard 15 jours avant l’atelier.