La plateforme MGX-Montpellier GenomiX offre des technologies de pointe dans le domaine de la génomique aux laboratoires académiques et aux sociétés de biotechnologie.

Portfolio d’applications :

  • (re)séquençage de génomes complets, y compris la découverte de variants (SNVs, mutations, indels, CNVs),
  • séquençage de régions ciblées du génome, par exemple le séquençage d’exomes,
  • analyses transcriptomiques (RNA-seq, smallRNA-seq, microarrays), y compris sur cellules uniques (single cell 3’RNA-seq),
  • détermination de la structure et de la dynamique chromatinienne (ChIP-seq, FAIRE-seq, Hi-C),
  • analyses épigénétiques (ChIP-seq, RRBS, Bisulfite-seq),
  • génotypage (RAD-seq, GBS, microarrays).

Principale expertise/Services :

Nous avons développé une solide expertise dans les technologies suivantes :

  • séquençage "nouvelle génération"
  • puces à ADN
  • PCR en temps réel à haut débit
  • séquençage Sanger spécifique

La plateforme offre également un service complet pour l’analyse des données issues du séquençage nouvelle génération : identification de gènes ou transcrits différentiellement exprimés, cytosines différentiellement méthylées, régions enrichies dans les données de ChIP-seq, variants statistiquement significatifs... Elle peut réaliser la contextualisation fonctionnelle des données.

La plateforme développe également des protocoles à façon pour répondre à des besoins spécifiques et participe à la formation de ses utilisateurs, tant pour la construction des banques que pour l’analyse des données.

Politique d’accès et de prestations :

La plateforme est ouverte aux utilisateurs académiques, cliniques et privés. MGX est labellisée GPTR et IBiSA. Elle est impliquée dans le Cancéropôle Grand Sud-Ouest et fait partie de l’infrastructure nationale France Génomique (PIA).

MGX est certifiée ISO 9001

 

 

Séquençage nouvelle génération par la technique SBS (sequencing by synthesis) : chaque point coloré représente un cluster de molécule d’ADN à séquencer. La couleur indique le deoxyribonucléotide (G, A, T, ou C) incorporé dans le brin complémentaire en cours de synthèse à chaque cycle de séquençage.

 

Site Web de la plateforme


 

Organigramme de la Plateforme MGX :

 

Direction de la plateforme MGX

    Responsable Scientifique :

  • Laurent JOURNOT
  • (DR, CNRS, 15%)

    Responsable opérationnel :

  • Hugues PARINELLO
  • (IE, CNRS, 10%)
+-

Comité de Direction

  • Laurent JOURNOT
  • Erick DESMARAIS
  • Christian JORGENSEN
  • Véronique PANTESCO
  • Philippe CLAIR
  • Pierre MOURNET
  • Sylvain SANTONI
  • Hugues PARINELLO
+-

Comité d'orientation scientifique et technique

    Experts externes :

  • Pascal BARBRY
  • (IPMPC, Sophia-Antipolis)
  • Julien BOBE
  • (UR 1037 SCRIBE, Rennes)
  • Aziz MOQRICH
  • (IBML, Marseille)
  • Jessica ZUMAN-ROSSI
  • (INSERM U674, Paris)
  • Mickael WEBER
  • (IREBS, Ilkrich)

    Experts locaux :

  • Benoit BERTRAND
  • (IPME, Montpellier)
  • Philippe PASERO
  • (IGF, Montpellier)
  • John DE VOS
  • (IRMB, Montpellier)
  • Philippe JAY
  • (IGF, Montpellier)
+-

Correspondant

  • Qualite : Hugues PARINELLO
+-

Séquençage haut débit, bio-statistiques (IGF-IGH)

    Responsable Scientifique :

  • Laurent JOURNOT
  • (DR, CNRS, 30%)

    Responsable Technique :

  • Hugues PARINELLO
  • (IE, CNRS, 100%)

    Personnel plateau permanent :

  • Emeric DUBOIS
  • (IE, INSERM, 100%)
  • Dany SEVERAC
  • (IE, CNRS, 100%)
  • Stéphanie RIALLE
  • (IE, CNRS, 100%)

    Personnel plateau CDD :

  • Samia GUENDOUZ
  • (CDD AI, CNRS, 100%)
  • Célia BARRACHINA
  • (CDD AI, CNRS, 100%)
  • Marine PRATLONG
  • (CDD IE, CNRS, 100%)
+-

Puces à ADN AFFYMETRIX (IRB)

    Responsable Scientifique :

  • Christian JORGENSEN
  • (PUPH, UM, 5%)

    Responsable Technique :

  • Véronique PANTESCO
  • (IE, INSERM, 100%)

    Personnel plateau CDD :

  • Gautier TEJEDOR
  • (CDD IE, CHU, 40%)
+-

PCR quantitative à haut débit (UM2)

    Responsable Scientifique :

  • Jean-Christophe AVARE
  • (CR, IRD, 10%)

    Responsable Technique :

  • Philippe CLAIR
  • (IE, UM, 100%)
+-

Génotypage (CIRAD-INRA)

    Responsable Scientifique :

  • Erick DESMARAIS
  • (IR, Triolet, CNRS, 30%)
  • Pierre MOURNET
  • (IR, Lavalette, UM, 100%)
  • Sylvain SANTONI
  • (IR, La Gaillarde, INRA, 50%)

    Responsable Technique :

  • Ronan RIVALLAN
  • (IR, Lavalette, CIRAD, 50%)
  • Frederic CERQUEIRA
  • (AI, Triolet, CNRS, 90%)
  • Hélène VIGNES
  • (IR, Lavalette, CIRAD, 100%)

    Personnel plateau permanent :

  • Aurore MANEZ
  • (TEC, Lavalette, CIRAD, 100%)
  • Muriel LATREILLE
  • (TEC, La Gaillarde, INRA, 100%)
  • Christine TOLLON
  • (TEC, La Gaillarde, INRA, 100%)
  • Audrey WEBER
  • (TEC, La Gaillarde, INRA, 100%)

    Personnel plateau CDD :

  • Thomas CANTINELLI
  • (CDD TEC, Triolet, CNRS, 100%)
+-

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