Application

 

PHÉNOTYPAGE CONVENTIONNEL

        • Différents type d’échantillons: Sérum, plasma, urine, liquide céphalorachidien
        Volume d’échantillon: de 2 μL à 95 μL
        • Mesures lipides (cholesterol HDL direct, LDL direct, triglycérides)
        •
Acide lactique, glucose, fructosamine
        •
Fonction hépatique (Acide urique, Albumine, ALanine & ASpartate aminoTransférase/transaminases, Bilirubine direct, Fer, Gamma-Glutamyl-Transpeptidases, Glucose, Phosphatase alcaline, Acide lactique, Lactate DésHydrogénase)
        •
Fonction rénale (Acide urique, Albumine, Calcium, Créatinine, Phosphore, Triglycérides, µ-albumine, Acide lactique, CO2, Magnésium, Protéines urinaires, Sodium, Potassium, Chlorures, urée)
        •
Fonction pancréatique (bilirubine direct, Calcium, Gamma-Glutamyl-Transpeptidases, Glucose, Lipase, Phosphatase alcaline, protéines totales, Amylase, Magnésium)
        • Fonction musculaire (ALanine & ASpartate aminoTransférase/transaminases, Créatine Kinase,
Créatinine, Triglycérides, Acide lactique, µ-albumine, Lactate DésHydrogénase)
        •
Fonction Thyroïdienne (Calcium, Choléstérol, Créatine Kinase, Gamma-Glutamyl-Transpeptidases, Phosphore, Magnesium)
          Mesures par spectrophotométrie (Colorimétrie et Turbidimétrie), potentiomètrie (direct : sérum/plasma et indirect : urines).        

PHÉNOTYPAGE PAR SPECTROMÉTRIE DE MASSE

Voir application métabolomique ciblée.

ANALYSE RESPIRATION & GLYCOLYSE EN TEMPS RÉEL

        • Analyses sur cellules en culture, mitochondries isolées, organoide ou petits échantillons de tissu (Seahorse, jusqu'à 96 échantillons) ou de la bactérie au poisson zèbre (Oroboros, 2 échantillons)
        • Possibilité d'injection de drogues
        • Phénotypage métabolique incluant  mesures de production d'ATP & fonction mitochondriale, oxydation des acides gras, phosphorylation oxydative et glycolyse
          Mesures taux de consommation d'oxygène (OCR) et d'acidification du milieu extracellulaire (ECAR). 

ANALYSES DU MÉTABOLISME DES ANIMAUX MODÈLES

        • Cages métaboliques équipées de calorimètre à circuit ouvert (Oxymax) permettant la mesure de la consommation d’oxygène (VO2) et la production de dioxyde de carbone (VCO2).
        • Mesure de la température corporelle par télémétrie
        • Mesure en temps réel de la composition corporelle (masse grasse, masse maigre, masse hydrique libre et eau corporelle totale)
        • animaux vigiles, pour rats et souris de 10g à 700g.
          Mesures par de composition par RMN

PLATEFORME CONCERNÉE

 

 

 

PRÉPARATION DES ÉCHANTILLONS

  • Tout échantillon issu du corps humain ou d'un animal modèle (dont sang, supernageatn de culture celllaire, cellules ou tissus, drosophile)
  • Tout autre type d'échantillon (dont plantes, levures, etc...)

MESURES

  • 100 métabolites mesurés en 1 run (voir liste des métabolites "routine").
  • Quantification d'acides aminés et des métabolites associés
  • Métabolites du cycle de Krebs
  • Molécules cu cycle de l'urée (cycle de l'ornithine)
  • Neurotransmetteurs
  • Nucléosides et nucléotides mono-phosphorylés
  • Des expériences de traçage sont possible sur demande

ANALYSE DES DONNÉES & INTERPRETATION

  • Traitement des données brutes en graphiques et histogrammes finaux
  • Interpretation des résultats par des approches de pathway enrichment

PLATEFORME

 

 

 

CONSTRUCTION DE BANQUES & APPLICATIONS

        • RNA-Seq, smallRNA-seq, single cell 3’RNA-Seq (transcriptomique)
        • Bisulfite-Seq, RRBS, ChIP-Seq (épigénétique)
        • ChIP-Seq, FAIRE-Seq, Hi-C (structure chromatinienne)

Contrôle qualité des échantillons, construction de banques.

SÉQUENÇAGE

        • (re)séquençage de génomes complets
        • séquençage de régions ciblées du génome, de cDNAs

Séquençage par synthèse (Illumina), séquençage par nanopores, séquençage Sanger specific.

GÉNOTYPAGE

        • Génotypage microsatellites
        • Génotypage SNP

Extraction de l’ADN, RADseq, GBS, Microarrays

ANALYSES TRANSCRIPTOMIQUES

        • Microarrays
        • qPCR haut débit
        • digital droplet PCR

ANALYSE DES DONNÉES/BIOINFORMATIQUE

        • Identification de variants (SNVs, mutations, CNVs, indels)
        • Identification de cytosines différentiellement méthylées
        • régions enrichies (ChIP-Seq)

PLATEFORMES CONCERNÉES

 

 

 

ANALYSES STATISTIQUES DE DONNÉES BIOLOGIQUES

        • Données NGS
        • Données protéomiques
        • Données issues d’analyse d’imageLa liaison ligand-cible (analyse pharmacologique, affinité, sélectivité)

ASSISTANCE À LA MISE EN PLACE DE PROJETS

        • Recensement des questions et des priorités.
        • Aide à la planification d’expérience
        • Calcul de la taille de l’échantillon (nombre de sujets nécessaires)
        • Évaluation et planification de l’analyse statistique appropriée.
        • Analyse critique des résultats / contrôle qualité.
        • Planification des expériences additionnelles si nécessaire

OUTILS D’ANALYSE STATISTIQUE

        • Mise à disposition d'outils d'analyse innovants
        issus des équipes de recherche associées
        • Développements d’outils à façon

PLATEFORME CONCERNÉE

 

 

 

 

RÉFÉRENCE MONDIALE CRÉÉE EN 1989 À MONTPELLIER

        • Spécialisée dans les Immunoglobulines (IG) ou anticorps et les récepteurs T (TR) de la réponse immunitaire adaptative
        • 7 bases de données de séquences, de gènes et de structures
        • 7 outils d’analyse
        • 25 000 pages de ressources Web RNA-Seq, smallRNA-seq, single cell 3’RNA-Seq (transcriptomique)

ÉTUDES DES RÉPERTOIRES DES IG ET TR

        • Recherche fondamentale, médicale & vétérinaire :
             - Infections, cancers, maladies autoimmunes, immunodéficiences
             - Diagnostic, pronostic et suivi thérapeutique des leucémies, lymphomes et myélomes
             - Approches thérapeutiques (greffes, immunothérapie, vaccinologie)
        • Recherche génomique
        • Biologie structurale 2D-3D (IMGT Colliers de Perles, domaines des protéines IgSF et MhSF)

Analyse haut-débit -IMGT®/HighV-QUEST

DÉVELOPPEMENTS D’OUTILS D’ANALYSE DES SÉQUENCES À FAÇON

        • Ingénierie des anticorps single chain Fragment variable scFv, Fab, banques combinatoires, phage display, etc ...
        • Anticorps chimériques, humanisés et humains

PLATEFORME CONCERNÉE

 

 

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