PRÉPARATION DES ÉCHANTILLONS

• Tout échantillon issu du corps humain ou d'un animal modèle (dont sang, supernageatn de culture celllaire, cellules ou tissus, drosophile)
• Tout autre type d'échantillon (dont plantes, levures, etc...)

MESURES

• 100 métabolites mesurés en 1 run (voir liste des métabolites "routine").
• Quantification d'acides aminés et des métabolites associés
• Métabolites du cycle de Krebs
• Molécules cu cycle de l'urée (cycle de l'ornithine)
• Neurotransmetteurs
• Nucléosides et nucléotides mono-phosphorylés
• Des expériences de traçage sont possible sur demande

ANALYSE DES DONNÉES & INTERPRETATION

• Traitement des données brutes en graphiques et histogrammes finaux
• Interpretation des résultats par des approches de pathway enrichment

PLATEFORME

CONSTRUCTION DE BANQUES & APPLICATIONS

        • RNA-Seq, smallRNA-seq, single cell 3’RNA-Seq (transcriptomique)
        • Bisulfite-Seq, RRBS, ChIP-Seq (épigénétique)
        • ChIP-Seq, FAIRE-Seq, Hi-C (structure chromatinienne)

Contrôle qualité des échantillons, construction de banques.

SÉQUENÇAGE

        • (re)séquençage de génomes complets
        • séquençage de régions ciblées du génome, de cDNAs

Séquençage par synthèse (Illumina), séquençage par nanopores, séquençage Sanger specific.

GÉNOTYPAGE

        • Génotypage microsatellites
        • Génotypage SNP

Extraction de l’ADN, RADseq, GBS, Microarrays

ANALYSES TRANSCRIPTOMIQUES

        • Microarrays
        • qPCR haut débit
        • digital droplet PCR

ANALYSE DES DONNÉES/BIOINFORMATIQUE

        • Identification de variants (SNVs, mutations, CNVs, indels)
        • Identification de cytosines différentiellement méthylées
        • régions enrichies (ChIP-Seq)

PLATEFORMES CONCERNÉES

ANALYSES STATISTIQUES DE DONNÉES BIOLOGIQUES

        • Données NGS
        • Données protéomiques
        • Données issues d’analyse d’imageLa liaison ligand-cible (analyse pharmacologique, affinité, sélectivité)

ASSISTANCE À LA MISE EN PLACE DE PROJETS

        • Recensement des questions et des priorités.
        • Aide à la planification d’expérience
        • Calcul de la taille de l’échantillon (nombre de sujets nécessaires)
        • Évaluation et planification de l’analyse statistique appropriée.
        • Analyse critique des résultats / contrôle qualité.
        • Planification des expériences additionnelles si nécessaire

OUTILS D’ANALYSE STATISTIQUE

        • Mise à disposition d'outils d'analyse innovants
        issus des équipes de recherche associées
        • Développements d’outils à façon

PLATEFORME CONCERNÉE

RÉFÉRENCE MONDIALE CRÉÉE EN 1989 À MONTPELLIER

        • Spécialisée dans les Immunoglobulines (IG) ou anticorps et les récepteurs T (TR) de la réponse immunitaire adaptative
        • 7 bases de données de séquences, de gènes et de structures
        • 7 outils d’analyse
        • 25 000 pages de ressources Web RNA-Seq, smallRNA-seq, single cell 3’RNA-Seq (transcriptomique)

ÉTUDES DES RÉPERTOIRES DES IG ET TR

        • Recherche fondamentale, médicale & vétérinaire :
             - Infections, cancers, maladies autoimmunes, immunodéficiences
             - Diagnostic, pronostic et suivi thérapeutique des leucémies, lymphomes et myélomes
             - Approches thérapeutiques (greffes, immunothérapie, vaccinologie)
        • Recherche génomique
        • Biologie structurale 2D-3D (IMGT Colliers de Perles, domaines des protéines IgSF et MhSF)

Analyse haut-débit -IMGT®/HighV-QUEST

DÉVELOPPEMENTS D’OUTILS D’ANALYSE DES SÉQUENCES À FAÇON

        • Ingénierie des anticorps single chain Fragment variable scFv, Fab, banques combinatoires, phage display, etc ...
        • Anticorps chimériques, humanisés et humains

PLATEFORME CONCERNÉE